幽門螺旋桿菌診斷方法可分為侵襲性與非侵襲性兩種。
侵襲性方法
通常需要利用到上消化道內視鏡做胃黏膜切片檢查。
快速尿素試驗 (Rapid urease test, RUT)
利用此細菌的尿素把尿素分解成氨，因 pH 值上升而使指示劑變色 (由黃變紅)。
一般胃鏡檢查時在胃幽門附近做切片，將之放入試劑內觀看顏色變化，如 CLO test 為其中一種檢驗方法。
病理組織學檢查
胃鏡檢查時將胃黏膜切片送病理檢驗，利用 H&E 染色，在微鏡下觀察幽門螺旋桿菌是否存在，同時可瞭解胃黏膜病變。
少數需用到特別染色，如銀染色、Giemsa 染色等。
細菌培養
將胃黏膜切片浸泡在培養液中，24 小時內移置於細菌培養皿培養，若培養成功就直接證明幽門螺旋桿菌的存在，同時可做抗生素的藥物敏感試驗。但此培養方法困難、耗時、不實際，大多數醫院均無法實施。
臨床應用是在幽門螺旋桿菌根除治療失敗2次後才實施，以決定抗生素之抗藥性與選用。
Polymerase chain reaction (PCR)
利用 PCR 方法來偵測細菌之DNA，敏感度與特異性高，但價格貴，因而臨床應用不普遍。
非侵襲性方法
血清抗體檢查 (Anti-Hp Ab)
檢測病患血清中是否有抗幽門螺旋桿菌 IgA 及 IgG 抗體的存在，此方法有 99% 的特異性及 96% 的靈敏性，適合大規模篩選。
缺點是陽性結果並不能等於活的細菌存在，且此檢查不能區分出病人是否接受過治療。因為即使已治療成功，細菌不存在，經過 2 年後，仍有 50% 血清抗體仍然陽性。
Urease breath test (UBT)
利用口服含 C13 或 C14 同位素標定的尿素，吞入胃內，若幽門螺旋桿菌存在，可將尿素轉變成氨和二氧化碳 (C13O2 或 C14O2 )，經由胃部血流到肺部而呼出。
收集病患呼出的二氧化碳，測定 C13 或 C14 的同位素劑量，可間接證明幽門螺旋桿菌的存在。
這二種尿素氮呼氣法敏感性及特異性都很高，而且不論在幽門螺旋桿菌根除療法之前或之後，它的準確率高達 95％，但是尿素氮呼氣法會被抗生素、鉍鹽、高劑量的 H2 受體拮抗劑及氫幫浦抑制劑所影響，這些物質因為壓抑住幽門螺旋桿菌的成長而導致偽陰性的結果，所以病人如果要進行尿素氮呼氣測試時上述的藥品必須要停一到二週以上。
目前臨床上均大都以 C13 來測定。
糞便及尿液抗原檢測
由利用酵素免疫分析法 (ELISA) 之特殊試劑來偵測糞便及尿液中細菌之抗原的存在，此法簡易、安全、正確率高，是診斷幽門螺旋桿菌感染的新利器。
唾液檢查
利用唾液及口腔之分泌物做培養，臨床應用不多。
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